Fray Manuel del Carmen Peña, llegado al Convento “San Carlos” en 1808, fue primer maestro de San Lorenzo ya que por iniciativa de los frailes franciscanos se abrió con él una escuela para los niños de la zona. El acta fundacional de esta institución data del 19 de diciembre de 1810, con lo cual se constituye en la primera escuela de la patria nueva, funcionando en una pieza del Convento que luego debió ser ampliada.

En ese entonces, en los alrededores habitaban unas cien personas, cuyas actividades principales se relacionaban con los quehaceres del mismo convento, el cultivo de la tierra, el ganado y la pesca, según estiman los historiadores locales.

Hacia 1834 o 1835, la escuela fue trasladada al lado Sur del Templo. En 1870 el ámbito originario se amplió y allí retornó la escuela. Entre 1883 y 1888 se realizaron más ampliaciones.

En 1899, por iniciativa del entonces director, Fray Nicolás Melcaf, se pensó en construir un edificio más adecuado, cuya piedra fundamental se colocó el 19 de diciembre de 1910, al cumplirse los primeros cien años de su fundación. El edificio, de estilo “italianizante” con matices “neo-clásicos”, abrió sus puertas en 1914 y, en 1949, se inauguró allí el primer colegio secundario de la ciudad.

En 2010 el colegio San Carlos está transitando, del mismo modo en que lo hace la Patria, su Bicentenario.